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转录组测序  
转录组测序
发布时间:2015-02-3
转录组测序

一、服务介绍

转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。转录组测序(RNA-Seq)是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言,RNA-Seq无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。

二、操作流程

1 全转录组总RNA提取;

2 mRNA分离和文库构建;

3高通量测序;

4数据处理与生物信息学分析;

5测序报告生成

三、生物信息分析 
()无参考基因组序列的转录组
1. 标准信息分析
1)   对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理;
2)   数据产出统计及测序数据的成分和质量评估;
3)   组装结果分析;
4)   Unigene功能注释;
5)   Unigene的GO分类;
6)   Unigene的COG 分类;
7)   Unigene代谢通路分析;
8)   预测编码蛋白框(CDS);
9)   Unigene表达差异分析;
10)  Unigene在样品间的差异GO分类和Pathway富集性分析。
2. 定制化信息分析
   可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容;
()有参考基因组序列的转录组
1. 标准信息分析
1)   对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理;
2)   测序评估;
3)   基因表达注释;
4)   基因差异表达分析;
5)   对基因结构进行优化(仅针对真核生物);
6)   鉴定基因的可变剪接(仅针对真核生物);
7)   预测新转录本;
8)   SNP 分析。
2. 定制化信息分析
   可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。

四、样品要求

1)样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。

2)样品的量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。

3)样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度 ≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥ 8。

4)样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5)样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。

、质量承诺
提供可靠数据和分析结果。

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