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lncRNA测序  
lncRNA测序
发布时间:2015-02-3
lncRNA测序

一、服务介绍

    长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指长度大于200 nt的RNA,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。
     长链非编码RNA测序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度,对富集到的 RNA进行文库构建,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息,对lncRNAs的类别、功能进行全方位的深入分析,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)相关 lncRNA信息。

二、测序流程 
  1.  总RNA提取
  2.  片段化
  3.  去除tRNA
  4.  连接3’/5’接头
  5.  反转录
  6.  PCR扩增
  7.  文库定量
  8.  上机测序
  9.  数据质检
 10.生物信息学分析

三、生物信息学标准化分析

1. 已知lncRNA鉴定

计算已知lncRNA表达量及样品间lncRNA表达差异分析

2. 预测新lncRNA

计算新lncRNA表达量及样品间新lncRNA表达差异分析

3. 新lncRNA二级结构预测

四、样品要求 
1.样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。
2.样品量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。
3.样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥7。
4.样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5.样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。

、质量承诺
提供可靠数据和分析结果。

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